組織変更時に、既存部門の部門コードを振り直してコード体系を一新したい、可能か

各部門の「部門コード」は部門の登録時にのみ設定可能なため、直接の変更は出来かねます。

新部門の作成と、既存部門からのプロジェクト等の移行による対応は可能ですが、この方法で既存部門の「部門コード」を一新した場合、現組織図上の部門と、過去の組織図上の部門の連続性が途切れます。
これにより、過去のプロジェクトや勤務実績などの参照が行いにくい状態となります。

「部門コード」の一新については、上記のようなデメリットを考慮の上でご検討ください。