使用実績のある原価項目を今後使わない場合どうすればよいですか

使用実績のある原価項目は削除できないので、誤使用を防ぐ形で残してください。
残さない方法もありますが、次のような影響があります。・【原価・物販項目設定】の画面右側にある「取込有」列のチェックをOFFにすることで、以後その項目を使って入力ができなくなります。
・【経費データ管理】で入力済みの伝票データが消えることはありませんが、「原価項目」の名称には【原価・物販項目設定】の「原価・物販項目」コードが表示されます。
・プロジェクトメニューの【集計科目別経費一覧】では実績を含めてその項目の行は表示されなくなります。
・その項目を使って本締済み（確定済み）の実績原価が消えることはありません。

より影響の少ない方法としては次のような運用案になります。
・【原価・物販項目設定】で削除したい項目の「原価・物販項目」の名称を修正し、先頭に例えば「旧）～」や「使用禁止）～」といった文字あるいは記号文字を付けて廃止された項目であることを強調させます。
・その廃止項目の行データを下方向に行移動させておき、以後誤って選択される可能性を下げます。
そうすることで過去の実績データは多少名称変更された形で残って参照でき、以後間違って使われることもある程度防げます。