【プロジェクト登録】と【リソースヒストグラム】にある[採算に反映]チェックは、毎回手動でONにする必要があるか

必要ありません。個人の設定の記憶となりますので、AさんがチェックをONにしたからといって、BさんがチェックONになるということはありません。